La Misión fundamental del IDEHU es promover la generación de conocimiento científico de calidad en el campo de la Inmunología y sustentar la formación y desempeño de sus investigadores y becarios. Por estar inserto en la Cátedra de Inmunología de la FFyB-UBA, es también su misión colaborar en la docencia de grado y posgrado en el área. Son también sus misiones brindar servicios de alta complejidad al sector académico y al sector productivo, y realizar transferencia tecnológica de desarrollos propios.